En video fra hendelsen viser passasjerflyet i flammer på vei nedover rullebanen.
Alle de 379 om bord på flyet ble raskt evakuert, blant dem 367 passasjerer. Japan Airlines-flyet kom fra Shin Chitose-flyplassen på Hokkaido.
Blant de seks om bord på kystvaktflyet overlevde kapteinen, melder japanske medier. De øvrige fem er funnet omkommet, ifølge den japanske kringkasteren NHK.
Det er ukjent hva som var årsak til kollisjonen.
Berømmer mannskapet
Bilder og video fra flyplassen viser brannmannskap som iherdig forsøker å slukke brannen i passasjerflyet. Flammene og røyken sto høyt over det brennende flyet, og alle de øvrige rullebanene på Haneda-flyplassen ble stengt.
En ekspert BBC har snakket med berømmer innsatsen til kabinpersonalet og pilotene om bord på Japan Airlines-flyet.
– Japan er fenomenale på transportsikkerhet. Evakueringen har vært vellykket, og viser hvor mye som går til opplæring av kabinansatte. Deres fokus er på sikkerhet, sier professor Graham Braithwaite ved Cranfield-universitetet i Storbritannia til kanalen.
Taiwan: Kraftigste jordskjelv på 25 år
Fraktet nødhjelp
Den japanske kystvakten har bekreftet at det var et av deres fly som kolliderte med passasjerflyet. Kystvaktflyet var på vei til Niigata-flyplassen nordøst i Japan med nødhjelp til den jordskjelvrammede Noto-halvøya.
Japan ble mandag rammet av et jordskjelv med en styrke på 7,5, og tirsdag blir det meldt om en rekke etterskjelv i landet, noe som har ført til ødeleggelser på bygninger og infrastruktur. Statsminister Fumio Kishida har kalt redningsarbeidet et kamp mot klokka, og 40 personer er bekreftet døde.
Haneda er en av de travleste flyplassene i Japan og har mange reisende i forbindelse med nyttårshelgen.
Enorme mengder EE-avfall er en katastrofe for miljøet
