Den sovjetproduserte dronen krysset over Romania og Ungarn før den gikk i bakken i en åker ved en studentbolig i utkanten av Zagreb torsdag kveld.
Et 40-tall biler fikk skader i eksplosjonen som fulgte, men ingen personer ble skadd.
– Spor av eksplosiver og andre tegn tyder på at dette ikke var en rekognoseringsdrone. Vi fant biter av en bombe, sier forsvarsminister Mario Banozic søndag.
Han sier dette skaper tvil om hvem som skjøt opp dronen, om det var ukrainerne eller russerne. Dronen er identifisert som en Tu-141 fra sovjettiden som er brukt til rekognosering både av Ukraina og Russland.
Kroatia har kritisert Nato for ikke å ha tatt episoden nok på alvor. Nato sier at dronen ble sporet, men Kroatia sier at de ikke ble varslet, og at Nato først kom på banen da journalister begynte å grave.
Sikkerhetsrapport: Frykten for Russland daler – klimafrykten øker
