DATA: Prosessorkraft kan finne en kur mot malaria. Her følger en av forskerne GridPP-nettverket på universitetet i Birmingham. (Bilde: Particle Physics & Astronomy Research Council)

Datamaskiner slåss mot malaria

  • datatele

Malaria

  • Infeksjon forårsaket av malariaparasitter.
  • Parasittene overføres fra mygg, og i kroppen tar de seg fram til leveren, hvor de formerer seg i levercellene.
  • Inkubasjonstiden varierer på de ulike parasittypene, men er vanligvis mellom 7 og 60 dager.
  • Sykdomstegnene er feber, hodepine, muskelvondt, magesmerter, oppkast og diaré. I verste fall koma eller død.
  • Sykdommen rammer omtrent 400 millioner mennesker hvert år, og dreper mellom én og tre millioner av dem.
  • Det eksisterer i dag ingen vaksine mot malaria, og sykdommen blir vanskeligere å behandle ettersom flere og flere malariastammer blir resistente mot medisinene.

Prosjektet, som bærer navnet Wisdom, pågikk fra oktober til slutten av januar i år.

Effektiv filtrering

Metoden analyserer mulige bestanddeler i malariamedisin opp mot målproteiner for sykdomsparasitten.

Wisdom beregner så sannsynligheten for at en substans vil koble seg sammen med proteinet, og bidrar dermed til å filtrere vekk størstedelen av de mulige medisinene.

80 000 i timen

I løpet av de fire månedene rakk forskerne å analysere 80 000 mulige substanser i timen. Totalt ble hele 140 millioner bestanddeler gjennomgått og testet opp mot malaria.

– Wisdom går så mye lenger enn malaria. Metoden som er utviklet kan bli benyttet på alle sykdommer, og dette åpner interessante industrielle perspektiver. Wisdom åpner opp for langt mer systematisk analyse av potensielt interessante molekyler, sier Doman Kim, direktør for Bioindustri- og teknologiinstituttet ved Jeonnam National University i Korea.

5000 molekyler

Universitetet skal stå for videre testing av de 5000 molekylene som Wisdom-prosjektet pekte ut. Særlig var tre molekylgrupper effektive mot den virtuelle malariaparasitten.

Datamaskinene som ble brukt var alle del av det såkalte Egee-prosjektet (Enabling grids for E-science), og totalt ble det lagt ned over to millioner datatimer og 2000 gigabyte med nyttig informasjon. Om en enkelt PC skulle gjort den samme jobben, ville det tatt over 420 år.

Storbritannia bak

Storbritannia sto for størstedelen av datakraften, gjennom det såkalte GridPP-nettet. Dette nettet er finansiert gjennom Storbritannias Partikkelfysikk- og astronomiforskningsråd, og er bygd for å prosessere data fra den enorme partikkelakseleratoren som skal tas i bruk i Genève senere i år.

– Selv om nettet vårt er bygd for å analysere partikkelfysikk, kan vi dele den ledige kapasiteten med andre forskere verden over. I dette tilfellet er vi svært glade for å ha bidratt i kampen mot malaria, sier prosjektleder for GridPP Tony Doyle i en pressemelding.